Proteinin işlenme biçimine ve içeriğine göre ürünlerin fiyatlarıda değişir. Örneğin CFM yöntemiyle üretilen proteinler son derece kalitelidir fakat bir o kadar da pahalıdır.
Yine kalite ve fiyat olarak saf isolat ve hidrolize proteinler , konsantre ve blend ( isolat ve konsantre karma ) wheylere göre daha pahalıdır.
Bu gibi kaliteli protein türlerinin yüksek biyolojik değer , emilme hızı gibi avantajları da vardır.